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儿科现有床位360张，病房面积约10437m²，年门急诊量逾100万人次。作为西部妇幼医学疑难重症诊疗中心，承担四川、云南、贵州、西藏、新疆、甘肃、重庆、湖北、湖南等其他地区转诊的疑难重症病人。儿童心血管科和血液肿瘤科为卫计委儿童先心病和白血病诊疗的区域性（云、贵、川、渝、藏）医疗中心，心血管科每年完成先心病介入治疗600多人次；血液肿瘤科干细胞移植的技术迅速，每年完成约30例。儿童肾脏/内分泌科的血液透析治疗，在历次公共卫生突发事件（如三聚氰胺奶粉事件和汶川大地震等）的抢救治疗中发挥了至关重要的作用；儿童感染科专设传染病房，在甲流疫情、重症手足口病及各种传染性疾病的救治中发挥了领军作用。

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